Εν μέσω έντασης, δύο αποχωρήσεων και με την απόφαση να συζητήσουν με την κυβέρνηση τα υπόλοιπα σημεία της συμφωνίας, ολοκληρώθηκε η μαραθώνια σύνοδος της Ιεραρχίας της Ελλάδας για το μισθολογικό καθεστώς των ιερέων, απορρίπτοντας τη συμφωνία Τσίπρα-Ιερώνυμου.
Η Ιεραρχία της Εκκλησίας της Ελλάδος απέρριψε την αποχώρηση των ιερέων από το καθεστώς των δημοσίων υπαλλήλων, ενώ η προσπάθεια του Αρχιεπισκόπου Ιερώνυμου να μεταπείσει τους Ιεράρχες δεν είχε αποτέλεσμα, ακόμη και όταν είπε ότι «η σημερινή μέρα είναι η αφετηρία για μια ελεύθερη εκκλησία».
Η συνεδρίαση ολοκληρώθηκε σε τεταμένο κλίμα, το οποία εντάθηκε όταν αποχώρησαν δύο Μητροπολίτες και συγκεκριμένα ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος όταν δεν του επετράπη να μιλήσει για τη μισθοδοσία και ο Μητροπολίτης Καισαριανής Δανιήλ, έπειτα από έντονη στιχομυθία με τον Μητροπολίτη Ν. Ιωνίας και Φιλαδελφείας Γαβριήλ.
Η ανακοίνωση που δόθηκε στη δημοσιότητα μετά τη συνεδρίαση της Ιεραρχίας:
«Συνήλθε σήμερα Παρασκευή, 16 Νοεμβρίου 2018, στη Συνεδρία της εκτάκτου Συγκλήσεώς της, η Ιερά Σύνοδος της Ιεραρχίας της Εκκλησίας της Ελλάδος, υπό την Προεδρία του Μακαριότατου Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Ιερωνύμου, στην Αίθουσα Συνεδριών της Ιεράς Συνόδου της Ιεραρχίας.
Προ της Συνεδρίας ετελέσθη Αρχιερατική Θεία Λειτουργία στο Καθολικό της Ιεράς Μονής Ασωμάτων Πετράκη, ιερουργήσαντος του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου Λαρίσης και Τυρνάβου κ. Ιερωνύμου.
Περί την 9η πρωινή, στη μεγάλη Αίθουσα των Συνεδριών της Ιεράς Συνόδου, ετελέσθη η Ακολουθία για την έναρξη των εργασιών της Ιεράς Συνόδου. Αναγνωσθέντος του Καταλόγου των συμμετεχόντων Ιεραρχών, διεπιστώθη απαρτία.
Η Επιτροπή επί του Τύπου συγκροτήθηκε από τους Σεβασμιωτάτους Μητροπολίτες Ναυπάκτου και Αγίου Βλασίου κ. Ιερόθεο, Σύρου, Τήνου, Άνδρου, Κέας και Μήλου κ. Δωρόθεο και Πατρών κ. Χρυσόστομο.
Ακολούθως, συμφώνως προς την Ημερησία Διάταξη, ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος ανέγνωσε την Ενημέρωσή του με θέμα: «Ενημέρωσις περί προτάσεως υπό της Ελληνικής Κυβερνήσεως επί του θέματος της Εκκλησιαστικής Περιουσίας».
Μετά από την Ενημέρωση ακολούθησε συζήτηση επ’ αυτής, κατά την οποία έλαβαν τον λόγο πολλοί Αρχιερείς.
Η Ιεραρχία της Εκκλησίας της Ελλάδος ομοφώνως αποφάσισε:
1. Να συνεχιστεί ο διάλογος με την Πολιτεία επί θεμάτων κοινού ενδιαφέροντος.
2. Να αναθέσει στην Διαρκή Ιερά Σύνοδο την συγκρότηση Ειδικής Επιτροπής, η οποία θα αποτελείται από Ιεράρχες, Νομικούς, Εμπειρογνώμονες και Εκπροσώπους του Εφημεριακού Κλήρου για την μελέτη των θεμάτων κοινού ενδιαφέροντος, ο καρπός της οποίας θα υποβληθεί στην Ιεραρχία της Εκκλησίας της Ελλάδος προς τελική έγκριση.
3. Να εμμείνει στο υφιστάμενο καθεστώς μισθοδοσίας των Κληρικών και των λαϊκών υπαλλήλων της Εκκλησίας της Ελλάδος».