Ο μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ, υποστηρίζει ότι με την κατασκευή του τεμένους, που θα χτιστεί στον Ελαιώνα Αττικής, παραβιάζεται το άρθρο 13 του Συντάγματος, που καθιερώνει το δικαίωμα της ελευθερίας της θρησκευτικής συνείδησης.
Και αυτό γιατί προϋπόθεση για την κατασκευή τεμένους είναι να έχει ερευνηθεί πρώτα εάν η λειτουργία του θα πλήξει ή όχι τη δημόσια τάξη και τα χρηστά ήθη των κατοίκων του Βοτανικού, κάτι όμως το οποίο δεν έχει γίνει.
Ο μητροπολίτη Πειραιώς Σεραφείμ, είε κάνει αίτηση στο ΣτΕ, με την οποία ζητούσε να ακυρωθεί η απόφαση της κυβέρνησης για την κατασκευή τεμένους.
Εναντίον της κατασκευής του ισλαμικού τεμένους προσέφυγαν πέρα του μητροπολίτη Πειραιώς, ο Εξωραϊστικός Φυσιολατρικός Πολιτιστικός Σύλλογος «Η Αθήνα», ένας καθηγητής πανεπιστημίου, δύο πλωτάρχες του Πολεμικού Ναυτικού και πέντε κάτοικοι του Βοτανικού. Παρέμβαση υπέρ της κατασκευής του έκανε ο μουφτής Κομοτηνής και η Μουφτία Κομοτηνής.
Ακόμη, υποστηρίζει ότι παραβιάζεται η συνταγματική αρχή της ισότητας (άρθρο 4 του Συντάγματος), καθώς οι θρησκευτικές μειονότητες στην Ελλάδα υποβάλλουν αιτήσεις για να λάβουν άδεια κατασκευής και λειτουργίας λατρευτικών χώρων, ενώ στην περίπτωση κατασκευής του τεμένους ανέλαβε την πρωτοβουλία για την κατασκευή και λειτουργία του το ίδιο το κράτος, χωρίς να προηγηθεί κάποια αίτηση.
Επίσης, σύμφωνα με τους προσφεύγοντες, παραβιάζεται και η συνταγματική αρχή της αναλογικότητας (άρθρο 25 του Συντάγματος), καθώς δεν επέλεξε η κυβέρνηση μια άλλη περιοχή λιγότερο πυκνοκατοικημένη, από ό,τι η περιοχή του Βοτανικού για την κατασκευή του τεμένους, όπως παραβιάζεται και το άρθρο 43 του Συντάγματος, καθώς για την κατασκευή του τεμένους έπρεπε να εκδοθεί Προεδρικό Διάταγμα και όχι υπουργική απόφαση, όπως έγινε στην προκειμένη περίπτωση.
Στην Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας συζητήθηκε η αίτηση του μητροπολίτη και σατά την ακροαματική διαδικασία ο δικηγόρος του και των άλλων προσφευγόντων στο ΣτΕ, επισήμανε ότι η ίδρυση τεμένους στο κέντρο των Αθηνών θα αποδομήσει τη συνοχή της κοινωνίας, καθώς και ότι τίθεται εθνικό θέμα. Όμως τίθεται και θέμα περιβαλλοντικό, καθώς θα κατασκευαστεί χωρίς να έχει εκδοθεί μελέτη περιβαλλοντικών επιπτώσεων, τη στιγμή μάλιστα που η τοποθεσία στην οποία πρόκειται να ανεγερθεί το τέμενος είναι «σε σχέση μιας αναπνοής από τη μητρόπολη».
Ο δικηγόρος του μουφτή Κομοτηνής επισήμανε ότι ο μουφτής εκπροσωπεί χιλιάδες μουσουλμάνους Έλληνες πολίτες και τόνισε ότι είναι διεθνής υποχρέωση της χώρας μας να αναγείρει τέμενος.
Από την πλευρά του, ο συνήγορος του Δημοσίου τόνισε ότι δεν υπάρχουν λατρευτικοί χώροι για τους μουσουλμάνους που κατοικούν μόνιμα στη χώρας μας, οι οποίοι αναγκάζονται να καταφεύγουν σε ακατάλληλους και ανεπαρκείς χώρους. Ο χώρος που επιλέχθηκε για την ανέγερση του τεμένους χαρακτηρίστηκε ως πλέον κατάλληλος από το κράτος, καθώς γύρω-γύρω δεν υπάρχουν κατοικίες, παρά μόνο εμπορικά-επιχειρηματικά συγκροτήματα.
Αναμένεται η απόφαση του Συμβουλίου.