«Σήμερον την 10ην πρωινήν ώραν κατελήφθη η χερσόνησος του Άθω διά ταυτοχρόνου αποβάσεως αγημάτων εις όρμον Αμμουλιανής και λιμένα Δάφνης, το επίνειον των Καρυών, της έδρας της Ιεράς Κοινότητος του Αγίου Όρους».
Με αυτό το σύντομο δελτίο Τύπου του Αρχηγού του Στόλου του Αιγαίου Παύλου Κουντουριώτη, που δημοσιεύτηκε την 3η Νοεμβρίου 1912 σε όλες σχεδόν τις εφημερίδες της Ελλάδας, ανακοινώνεται το τέλος μισής χιλιετίας υπαγωγής του Αγίου Όρους στους Οθωμανούς, από το 1423, όταν οι εγκαταβιούντες σε αυτό μοναχοί και ησυχαστές βρέθηκαν να μοιράζονται την τραγική μοίρα των υπολοίπων χριστιανικών πληθυσμών της χερσονήσου του Αίμου και της Μικράς Ασίας.
Εκείνη την περίοδο κατοικούσαν εκεί 9.000-10.000 μοναχοί. Στις 2 Νοεμβρίου είχαν καταπλεύσει η ναυαρχίδα του ελληνικού στόλου, το θωρηκτό «Αβέρωφ» μαζί με το αντιτορπιλικό «Θύελλα» και τα ανιχνευτικά «Ιέραξ» και «Πάνθηρ».
Η υποδοχή του στόλου ήταν πολύ θερμή, με χαρμόσυνες κωδωνοκρουσίες εκατοντάδων καμπανών των Ιερών Μονών με το που αντελήφθησαν την παρουσία του ελληνικού στόλου, ενώ ο στόλος ανταπέδωσε με 21 χαιρετιστήριες βολές.
Το αντιτορπιλικό «Θύελλα» αγκυροβόλησε στον όρμο της Δάφνης και αποβίβασε άγημα 40 ανδρών που είχαν επικεφαλής σημαιοφόρο. Ο εκπρόσωπος του Σουλτάνου που έδρευε στον Πύργο του Πρωτάτου παράδωσε το Άγιο Όρος στο Ελληνικό Βασίλειο και επικυρώθηκε η κατάληψη του Αγίου Όρους από το ελληνικό ναυτικό. Ο καϊμακάλης της περιοχής και μια οθωμανική δύναμη θεωρήθηκαν αιχμάλωτοι πολέμου «άνευ πολεμικής τινός ενέργειας», και εν συνεχεία υψώθηκε η ελληνική σημαία.
Το «Αβέρωφ» με τα ανιχνευτικά «Ιέραξ» και «Πάνθηρ» κατευθύνθηκαν στον όρμο του Πρόβλακα, κοντά στα Νέα Ρόδα, όπου αποβίβασαν 200 άνδρες, οι οποίοι κατέλαβαν την διώρυγα του Ξέρξη.
Την επομένη, 3 Νοεμβρίου, συνήλθαν σε συνεδρίαση στις Καρυές οι αντιπρόσωποι όλων των μονών (19 από τις 20) –εκτός της ρωσικής του αγίου Παντελεήμονα– και υπογράφηκαν πρακτικά της συνεδρίασης με την οποία διαπιστωνόταν η κατάλυση των τουρκικών Αρχών. Η επίσημη πράξη έγινε στις 5 Νοεμβρίου.
Στις 4 Νοεμβρίου 1912 η Ιερά Κοινότητα αποστέλλει ευχαριστήριο τηλεγράφημα για την απελευθέρωση του Αγίου Όρους στον πρωθυπουργό Ελευθέριο Βενιζέλο, ο οποίος και απάντησε στο ίδιο ύφος.
Ο Πρόεδρος του Υπουργικού Συμβουλίου
Εν Αθήναις τη 25η Νοεμβρίου 1912
Πανοσιολογιώτατοι,
Μετά βαθυτάτης συγκινήσεως αποδεχόμενος τον φιλόστοργον υμών ασπασμόν ευχαριστώ από μέσης καρδίας επί ταις τιμητικαίς εκφράσεσι, δι’ ων με περιβάλλουσι αι υμέτεραι Αγιότητες.
Αντισυγχαίρων δε επί ταις νίκαις, αίτινες θεία συνάρσει στέψασαι τα ελληνικά όπλα απελύτρωσαν και τους της Αθωνιάδος τόπους, επικαλούμαι τας προς τον Ύψιστον υμετέρας δεήσεις υπέρ της κατά τους κοινούς πόθους περατώσεως του Ιερού αγώνος.
Ελευθέριος Κ. Βενιζέλος
Ακολούθησε η εγκατάσταση βουλγαρικού αποσπάσματος στη Μονή Ζωγράφου και προκλήθηκαν ένοπλες αντιδράσεις. Ομάδα κελιωτών και λαϊκών με επικεφαλής έναν αστυνομικό πολιόρκησε την οχυρωμένη μονή Ζωγράφου και έριξε μερικές εκφοβιστικές βολές. Η στενή πολιορκία και η πάροδος του χρόνου ανάγκασαν το βουλγαρικό τμήμα να παραδοθεί στις 21 Ιουνίου και να μεταφερθεί αιχμάλωτο στον Πειραιά.
Η Ρωσία επιζητούσε να έχει λόγο στο Άγιον Όρος. Η Συνθήκη του Λονδίνου, με την οποία έληξε ο Α’ Βαλκανικός Πόλεμος (Μάιος 1913), άφηνε σε εκκρεμότητα το ζήτημα, αναθέτοντας τον καθορισμό του καθεστώτος του Αγίου Όρους στις Μεγάλες Δυνάμεις.
Η Ρωσία πίεζε να μη λαμβάνεται καμιά απόφαση χωρίς την συγκατάθεση του τσάρου. Η Ελλάδα αντιστεκόταν. Τον Νοέμβριο του 1913 οι Μεγάλες Δυνάμεις ανακοίνωσαν στην Ελλάδα ότι το Άγιο Όρος θα ήταν «αυτόνομο, ανεξάρτητο και ουδέτερο» με διοίκηση που θα ασκούσε η Ιερά Σύνοδος και με δική του αστυνομία και ακτοφυλακή. Η απόφαση αυτή ποτέ δεν ίσχυσε. Το ελληνικό κράτος έστειλε μικρή αστυνομική δύναμη, όσο διαρκούσε ο Α’ Παγκόσμιος Πόλεμος, ενώ συνεχίζονταν ατέρμονες διαπραγματεύσεις ανάμεσα στην ελληνική και στη ρωσική κυβέρνηση που διακόπηκαν με την επανάσταση των μπολσεβίκων (1917).
Με τη Συνθήκη της Λοζάνης (1923) η Ελλάδα έγινε απόλυτη κυρίαρχος του Αγίου Όρους. Η έκτακτη σύναξη στις Καρυές, τον Μάιο του 1924, κωδικοποίησε τις διατάξεις που ίσχυαν και εκπόνησε τον «Νέο Καταστατικό Χάρτη του Αγίου Όρους, Άθω».
Το ελληνικό κράτος κύρωσε με το Ν.Δ. 10/16 Σεπτεμβρίου 1926 τον Καταστατικό Χάρτη του Αγίου Όρους, ο οποίος άρχισε να ισχύει το 1927 μετά την ισχύ του νέου Συντάγματος. Τότε, για πρώτη φορά επισημοποιήθηκε η συνταγματική προστασία του καθεστώτος αυτοδιοίκησης του Αγίου Όρους.