Η Κιβωτός του Πόντου, η Επιτροπή Ποντιακών Μελετών (ΕΠΜ) απέκτησε θεσμική υπόσταση στις 26 Μαΐου 1927, στην Αθήνα, μετά από πρωτοβουλία του Θεοφύλακτου Θεοφυλάκτου – ενός εξαίρετου γιατρού από την Τσίτη της Αργυρούπολης που ζούσε στη Θεσσαλονίκη.
Περίπου δύο χρόνια αργότερα, στις 12 Ιουνίου 1929, οι ιδρυτές της συναντήθηκαν στον ίδιο τόπο, το σπίτι του μητροπολίτη Τραπεζούντας και μετέπειτα Αρχιεπισκόπου Αθηνών Χρύσανθου, στην Αθήνα, και αποφάσισαν να γίνει σωματείο σύμφωνα με το νόμο.
Οι στόχοι του σωματείου ήταν ίδιοι με τους σκοπούς της ίδρυσης της ΕΠΜ, όπως αυτοί αναφέρονται στον καταστατικό της χάρτη, δηλαδή «η περισυλλογή, μελέτη και δημοσίευσις γλωσσικού, λαογραφικού και ιστορικού υλικού του Πόντου».
Ιδρυτές και του σωματείου ήταν οι: Μητροπολίτης Χρύσανθος, Αρχιμανδρίτης Άνθιμος Παπαδόπουλος, Δημοσθένης Οικονομίδης, Χρήστος Καλαντίδης, Λεωνίδας Ιασονίδης, Χρυσόστομος Μυρίδης, Θεμιστοκλής Παστιάδης, Σταύρος Νικολαΐδης, Κωνσταντίνος Κανσήζ, Λάμπρος Λαμπριανίδης, Λάζαρος Θεοδωρίδης, Αβραάμ Πολυχρονιάδης.
Η ΕΠΜ στεγάζεται σε ιδιόκτητο κτήριο με την επωνυμία «Στέγη Κειμηλίων του Ελληνισμού του Πόντου», στην οδό Αγνώστων Μαρτύρων 73 στη Νέα Σμύρνη Αττικής. Εκεί στεγάζονται η Βιβλιοθήκη, το Μουσείο του Ελληνισμού του Πόντου, αίθουσες διαλέξεων και συνεδρίων, καθώς και χώροι φύλαξης των ιστορικών κειμηλίων και των εκδόσεών της.
Η ιδρυτική πράξη για τη σύσταση του σωματείου