Τα στοιχεία που θα συγκεντρώσει η Οικονομική Αστυνομία κατά τις εφόδους της στις δομές της «Κιβωτού του Κόσμου» αλλά και εκείνα που αφορούν τους πρωταγωνιστές της υπόθεσης, αναμένει η Εισαγγελία Πρωτοδικών προκειμένου να αποφανθεί εάν θα διαταχθεί νέα έρευνα. Πληροφορίες του ΑΠΕ-ΜΠΕ αναφέρουν πως τα στοιχεία που υπάρχουν θεωρείται βέβαιο ότι θα αποτελέσουν αντικείμενο νέας προκαταρκτικής εξέτασης που θα εστιάσει στα οικονομικά πεπραγμένα εμπλεκομένων προσώπων που είχαν καίριο ρόλο στην λειτουργία του ΜΚΟ.
Η Εισαγγελία ενδέχεται να ερευνήσει για πιθανές αξιόποινες πράξεις, όπως εκείνες που αφορούν φοροδιαφυγή και νομιμοποίηση παράνομων χρημάτων.
Σύμφωνα με νομικούς, εφόσον προκύψουν στοιχεία από τον διαχειριστικό έλεγχο που διενεργείται στην «Κιβωτό του Κόσμου», δεν αποκλείεται η εισαγγελική έρευνα να εστιάσει και σε άλλα αδικήματα όπως αυτά που αφορούν ενδεχόμενη διάπραξη απιστίας, υπεξαίρεσης ή απάτης. Για την διεύρυνση της έρευνας, ώστε να αξιολογηθεί ποινικά η πιθανότητα διάπραξης των συγκεκριμένων αδικημάτων, θα πρέπει να υποβάλλει έγκληση το νέο ΔΣ της Κιβωτού εντός τριμήνου από τον εντοπισμό πιθανής τέλεσης συγκεκριμένων πράξεων σε βάρος του ΜΚΟ.