Ιδρυτές της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας το 1204 υπήρξαν δύο αδέλφια, οι Κομνηνοί Αλέξιος και Δαυίδ. Ήταν παιδιά του Μανουήλ, γιου του Ανδρόνικου Α΄, ιδρυτή της αυτοκρατορικής δυναστείας των Κομνηνών. Ο Ανδρόνικος είχε σκοτωθεί κατά την εξέγερση του 1185, οπότε και οι Κομνηνοί έχασαν το θρόνο από τη δυναστεία των Αγγέλων.
Η ώθηση για τη δημιουργία της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας δόθηκε από την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης, το 1204, από τους Σταυροφόρους.
Ουσιαστικά, μετά την ημερομηνία αυτή η Κωνσταντινούπολη δεν μπόρεσε να ανακτήσει την παλιά της αίγλη. Για την ανακατάληψη της Πόλης δημιουργήθηκαν τρία ελληνικά κράτη, με κέντρα τη Νίκαια, την Τραπεζούντα και την Ήπειρο. Το μακροβιότερο υπήρξε η Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας, η οποία επέζησε επί 257 χρόνια.
Τα δύο αδέλφια, ο Αλέξιος και ο Δαυίδ, που είχαν γεννηθεί ο πρώτος το 1182 και ο δεύτερος δύο χρόνια νωρίτερα, απομακρύνθηκαν από την επαναστατημένη πρωτεύουσα το 1185 και εστάλησαν στη θεία τους, βασίλισσα των Ιβήρων (Γεωργίας) Θάμαρ (1184-1212).
Μετά την κατάλυση του βυζαντινού κράτους από τους Σταυροφόρους οι δύο νεαροί Κομνηνοί, με τη βοήθεια της θείας τους, των Γεωργιανών στρατιωτών, τη συνεργασία των σχολάριων αρχόντων που έφυγαν από την Κωνσταντινούπολη και ντόπιων Ποντίων αριστοκρατών, κατέλαβαν την Τραπεζούντα και ίδρυσαν το μεσαιωνικό κράτος του Πόντου το 1204.
Οι αυτοκράτορες του κράτους αυτού πήραν την προσωνυμία Μεγάλοι Κομνηνοί, αισθάνονταν δε Έλληνες και συνεχιστές του βυζαντινού κράτους. Έμβλημά τους είχαν τον μονοκέφαλο αετό, σε αντιδιαστολή με τον δικέφαλο της αυτοκρατορίας της Κωνσταντινούπολης.
Τα σύνορα της αυτοκρατορίας είχαν φτάσει δυτικά μέχρι τη Νικομήδεια, αλλά μετά την ήττα του Δαυίδ από τον αυτοκράτορα της Νίκαιας Θεόδωρο Λάσκαρη (1204-1222) περιορίστηκαν ως τη Σινώπη. Αργότερα συρρικνώθηκαν κι άλλο. Η αδυναμία συνεννόησης των δύο ελληνικών κρατών, της Νίκαιας και της Τραπεζούντας, είχε αρνητικές επιπτώσεις στις προσπάθειες αναχαίτισης τόσο των Λατίνων όσο και των Σελτζούκων Τούρκων.
Η απελευθέρωση της Κωνσταντινούπολης από την Αυτοκρατορία της Νίκαιας το 1261 έθεσε τέλος στα όνειρα των Κομνηνών να επιστρέψουν στο θρόνο της βυζαντινής πρωτεύουσας, κι έτσι επιδόθηκαν στην ισχυροποίηση της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας.
Το ποντιακό κράτος διατηρήθηκε ως το 1461, οκτώ χρόνια μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης, αναδείχτηκε σε ισχυρό προπύργιο του ελληνισμού, και η πρωτεύουσά του, η Τραπεζούντα, σε σπουδαίο εμπορικό κέντρο και λαμπρή εστία των ελληνικών γραμμάτων και της βυζαντινής τέχνης. Στις σχολές της, κυρίως των θετικών επιστημών, σπούδαζαν μαθητές που έρχονταν ακόμη και από την Κωνσταντινούπολη.
Στο ποντιακό κράτος έζησαν, μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους, οι σχολάριοι άρχοντες που αποτελούσαν την κύρια φρουρά του παλατιού της Κωνσταντινούπολης και βοήθησαν στη δημιουργία της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας. Αργότερα ήρθαν σε αντίθεση με τους ντόπιους άρχοντες.
Στο Βυζάντιο επικρατούσε η αντίληψη πως αυτοκρατορία χωρίς πατριαρχείο δεν νοείται, διότι ο Πατριάρχης χρίει τον Αυτοκράτορα. Έτσι, μετά την κατάληψη της Πόλης και τη μεταφορά του Οικουμενικού Πατριαρχείου στη Νίκαια, η Τραπεζούντα αμφισβήτησε τη συνέχεια του Οικουμενικού Πατριαρχείου, το οποίο το 1258 αποδέχτηκε την αυτοτέλεια της Εκκλησίας του Πόντου. Μετά την απελευθέρωση της Πόλης τα πράγματα ομαλοποιήθηκαν και οι Πόντιοι αποδέχτηκαν την πρωτοκαθεδρία του Οικουμενικού Πατριαρχείου.
Ισχυρή αυτοκρατορική προσωπικότητα στην Τραπεζούντα υπήρξε ο Αλέξιος Γ΄ ο Κομνηνός, οι διάδοχοί του όμως δεν μπόρεσαν να σταθούν στο ύψος των δύσκολων περιστάσεων. Οι Τούρκοι είχαν επανακάμψει απειλητικοί στην περιοχή, ενώ τοπικοί άρχοντες διεκδικούσαν την αυτονομία τους αποδυναμώνοντας ακόμη περισσότερο την κεντρική εξουσία.
Ο αυτοκράτορας Ιωάννης Δ΄ ο Καλοϊωάννης για να σώσει το κράτος από τους Οθωμανούς Τούρκους, οι οποίοι είχαν ήδη καταλάβει την Κωνσταντινούπολη το 1453, συμμάχησε με τους Τουρκομάνους που κατοικούσαν στην Αμίδη (Ντιγιάρμπακιρ), τους Λεύκαρνους (Ασπροπροβατάδες) όπως τους έλεγαν αλλιώς. Για να πετύχει η συμμαχία τούς παραχώρησε την Καππαδοκία και αρραβώνιασε την πανέμορφη κόρη του με τον ηγέτη τους Ουζούν Χαν. Το σχέδιό του δεν ολοκληρώθηκε. Πέθανε το 1458.
Στο θρόνο ανέβηκε ο αδελφός του Δαυίδ Κομνηνός, ο τελευταίος αυτοκράτορας της Τραπεζούντας. Όχι ιδιαίτερα τολμηρός ο ίδιος, προδόθηκε και από τον πρωτοβεστιάριο Αμιρούτζη, ο οποίος τον έπεισε να παραδώσει την πόλη στον Μωάμεθ Β΄ ενάντια στη θέληση του πολιορκημένου λαού.
Ήταν το έτος 1461, το τέλος της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας.
