Ο Άγιος Βασιλέας Ιωάννης Γ΄ Δούκας Βατάτζης υπήρξε από τις μεγάλες φυσιογνωμίες που λάμπρυναν την Εκκλησία και τη χριστιανική αυτοκρατορία, για τις μεγάλες ελεημοσύνες του, δε, έλαβε την προσωνυμία Ελεήμων. Προφητείες, θρύλοι και διηγήσεις που ζωντανεύουν στη μνήμη μας τον μαρμαρωμένο βασιλιά, συνδέονται άρρηκτα με θαύματα και γεγονότα που σχετίζονται με το βίο του.
Προτεραιότητα στη ζωή του είχε θέσει την ελεημοσύνη. Με βάση το έλεος και την αγάπη, και με τη βοήθεια του Θεού αντιμετώπισε ακανθώδη ζητήματα της εποχής του. Η προσήλωσή του στο γράμμα του Ευαγγελίου, άλλωστε, συνέβαλε στην επίλυση του προβλήματος της φτώχειας.
Γεννήθηκε το 1193 στο Διδυμότειχο και ήταν γόνος επιφανούς οικογένειας του Βυζαντίου. Το 1204, μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους σταυροφόρους, η Βυζαντινή Αυτοκρατορία διαιρέθηκε σε τέσσερα αντίπαλα βασίλεια: τη λατινική Αυτοκρατορία της Κωνσταντινουπόλεως, την Αυτοκρατορία της Νίκαιας στη Μικρά Ασία, όπου κατέφυγαν ο νόμιμος αυτοκράτορας και ο οικουμενικός Πατριάρχης, το Δεσποτάτο της Ηπείρου στη δυτική Ελλάδα και τέλος το βουλγαρικό βασίλειο του Ιωάννη Β’ του Ασάνη.
Το 1222 ο Ιωάννης Δούκας Βατάτζης διαδέχθηκε στο θρόνο της Νίκαιας τον θείο του Θεόδωρο Λάσκαρη, και χάρη στην πολιτική του ικανότητα κατόρθωσε να αναδιοργανώσει τις βυζαντινές δυνάμεις κατά τα πρότυπα της παλαιάς αυτοκρατορίας. Ο Ιωάννης ως αυτοκράτορας επέδειξε τις εξαιρετικές ιδιότητες ενός πολιτικού αρχηγού και τις αρετές ενός χριστιανού ηγεμόνα.
Χάρη σε μια σειρά λαμπρές στρατιωτικές νίκες και έξυπνους χειρισμούς εξασφάλισε μέσα σε λίγα χρόνια τον έλεγχο της Μικράς Ασίας και ανέκτησε το μεγαλύτερο μέρος των εδαφών που βρίσκονταν στα χέρια των Λατίνων.
Κατέλαβε την Αδριανούπολη, και το 1254, όταν πέθανε, η Αυτοκρατορία της Νικαίας περιλάμβανε στην πραγματικότητα τα εδάφη της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας πριν από τη φραγκική κατάκτηση.
Δεν απέμενε πλέον παρά η κατάληψη της Βασιλεύουσας, η οποία επιτεύχθηκε από τον διάδοχό του, Μιχαήλ Η’ Παλαιολόγο το 1261 και από τους ιστορικούς χρεώνεται στον αυτοκράτορα Ιωάννη Βατάτζη.
Εμφορούμενος από φλογερό ζήλο για το καλό της Εκκλησίας, ο Βατάτζης διεξήγαγε πολλές διαπραγματεύσεις με τον Πάπα Γρηγόριο Θ’. Ματαίως όμως, γιατί ο Πάπας επέμενε στις απόψεις του.
Ο ηγέτης της Νίκαιας Ιωάννης ήταν ένθερμος προστάτης των αδικημένων, και ιδιαιτέρως των αγροτών που καταπιέζονταν από τους μεγάλους γαιοκτήμονες. Εκτός από τους πολέμους, καταπιάστηκε επιπλέον και με την αναδιοργάνωση της γεωργίας και της κτηνοτροφίας.
Λέγεται ότι μια μέρα που συνάντησε τον γιο του, ντυμένο με ακριβά ρούχα να πηγαίνει για κυνήγι, τον επιτίμησε αυστηρά λέγοντάς του: «Πώς μπορείς να ξοδεύεις έτσι το χρήμα των υπηκόων σου, σε τέτοιες μάταιες ασχολίες; Δεν γνωρίζεις ότι τα πολύτιμα τούτα ρούχα με τα χρυσά κεντήματα γίνονται από το αίμα των Ρωμιών, και ότι πρέπει να δίνεις σ’ αυτούς λογαριασμό για ό,τι ξοδεύεις, αφού ο πλούτος των βασιλέων είναι πλούτος των υπηκόων τους;».
Στις 4 Νοεμβρίου του 1254 ο ευσεβής αυτοκράτορας της Νίκαιας Ιωάννης Γ’ Βατάτζης άφησε την τελευταία του πνοή. Το λείψανό του ενταφιάσθηκε στο Μοναστήρι του Σωτήρος Χριστού, που είχε κτίσει ο ίδιος στο Νυμφαίο της Βιθυνίας.
Τα επόμενα χρόνια δι’ αποκαλύψεως ο ίδιος ο Ιωάννης ζήτησε να μεταφερθεί το λείψανό του στη Μαγνησία της Μικράς Ασίας.
Όταν μετά από επτά χρόνια άνοιξαν τον τάφο του, μια γλυκιά ευωδία απλώθηκε τριγύρω. Έκπληκτοι διαπίστωσαν όλοι ότι το σώμα του ήταν άφθαρτο, σαφές δείγμα αγιότητας. Δεν είχε κανένα απολύτως σημείο που να φανερώνει ότι ήταν νεκρός. Το χρώμα του σώματός του ήταν όπως κάθε φυσιολογικού ανθρώπου, ακόμη και τα ρούχα του είχαν διατηρηθεί επί επτά χρόνια άφθαρτα και έμοιαζαν σαν να τα είχαν ράψει εκείνη τη στιγμή.
Από τότε το τίμιο λείψανο του Αγίου Βασιλέως Ιωάννη του Βατάτζη του Ελεήμονος κατατέθηκε σε ναό της Μαγνησίας. Μάλιστα, όπως σημειώνει ο βιογράφος του, χριστιανοί που προσέφευγαν στον άγιο ανταμείβονταν θαυμαστά.