Στις μεγάλες μεταναστευτικές οδούς των πτηνών θεωρείται ότι βρίσκονται οι εστίες του ιού του Δυτικού Νείλου, μιας και τα κουνούπια τον κολλούν όταν θρέφονται από μολυσμένα πουλιά και στη συνέχεια τον μεταδίδουν σε ανθρώπους και ζώα μέσω των τσιμπημάτων καθώς το στέλεχος κυκλοφορεί στο αίμα τους και μπαίνει στους αδένες τους.
Ελλείψει εμβολίου οι μόνοι τρόποι προστασίας, σύμφωνα με τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγείας, είναι:
- Η μείωση του κινδύνου μετάδοσης από τα κουνούπια. Οι προσπάθειες για την αποτροπή της μετάδοσης θα πρέπει πρώτα να επικεντρωθούν στην προσωπική προστασία από τα τσιμπήματα μέσω της χρήσης κουνουπιέρων, εντομοαπωθητικών, ανοιχτόχρωμων ρούχων (πουκάμισα και παντελόνια με μακριά μανίκια), και μέσω της αποφυγής της υπαίθριας δραστηριότητας σε ώρες αιχμής. Σε ευρύτερο πλαίσιο θα πρέπει να υπάρχουν προγράμματα ψεκασμών σε κατοικημένες περιοχές.
- Η μείωση του κινδύνου μετάδοσης από ζώο σε άνθρωπο. Γάντια και προστατευτικά ρούχα πρέπει να φοριούνται κατά την επαφή με μολυσμένα ζώα (ή με τους ιστούς τους), αλλά και κατά τη διάρκεια της σφαγής.
- Η μείωση κινδύνου μετάδοσης μέσω μετάγγισης αίματος και μεταμόσχευσης οργάνων. Οι περιορισμοί στη δωρεά αίματος και οργάνων και οι εργαστηριακοί έλεγχοι πρέπει να λαμβάνονται υπόψη κατά τη στιγμή της εμφάνισης της εστίας στις πληγείσες περιοχές μετά την αξιολόγηση της τοπικής / περιφερειακής επιδημιολογικής κατάστασης.